Substytut mleka może też wpływać na kobiecą płodność. Potwierdza to badanie z udziałem 1 553 ochotniczek w wieku 18-22 lat. Te, które karmiono sojowym mlekiem zastępczym, były o 50% bardziej narażone na ostre bóle menstruacyjne oraz o 40% częściej przepisywano im antykoncepcję hormonalną na złagodzenie objawów miesiączki.
Winę ponosi prawdopodobnie genisteina, izoflawon obecny w soi, który wpływa na układ rozrodczy i w ten sposób może przyczyniać się do zaostrzenia bólu menstruacyjnego. Zwiększa też ryzyko włókniaków (mięśniaków macicy) i endometriozy, a także wpływa na obfitość krwawienia.
Okazuje się, że nawet 60% kobiet, które karmiono sojowym mlekiem zastępczym, doświadcza silnych bólów w czasie menstruacji.